Ein Flaggoffizier ist ein zur Führung einer eigenen Rangflagge berechtigter Offizier in einem höheren Dienstgrad als Kapitän zur See, bzw. Oberst, also in einem Admiralsrang oder einem Generalsrang.
Die Bezeichnung Flaggoffizier leitet sich davon ab, dass diese auf bestimmten Dienstposten als Kommandozeichen eine eigene Flagge führen. Flaggoffiziere, die an Land Kommandofunktionen ausüben, führen die Flagge in der Regel vor oder auf dem Dienstgebäude.
Alle Generalsränge, also alle Ränge vom Brigadegeneral an aufwärts, werden im allgemeinen Sprachgebrauch als Flaggoffiziere bezeichnet, auch wenn sie nicht mehr, wie zu früherer Zeit, eine eigene Dienstflagge tragen.
Im 33. Jahrhundert weist auf den Flaggoffizier-Status zumeist nur noch ein einfaches Symbol auf dem Schott ihres Dienstbüros, oder auf dem Schott ihres Quartiers auf einem Raumschiff, dass als Flaggschiff dient, hin.